Para estudo ao microscópio de luz, na espessura em que são feitos os cortes (3-5µm), a maioria dos tecidos é incolor. A coloração é uma etapa importante para o estudo de células e tecidos, pois permite a visualização e identificação mais precisa das diferentes estruturas.
Existe uma grande variedade de corantes, muitos deles sendo utilizados em combinação.
Na rotina de um laboratório de histologia, a coloração de hematoxilina-eosina (HE) é amplamente utilizada (Coloração de rotina). A hematoxilina cora o núcleo das células e regiões do citoplasma que sejam ricas em retículo endoplasmático rugoso em uma tonalidade azul-arroxeada. A eosina cora outras regiões citoplasmáticas, além de vários componentes extracelulares, em tonalidade vermelho-rosada.
Em se tratando de colorações especiais, os métodos histoquímicos ocupam posição relevante.
O termo histoquímico é usado para indicar método que identifica e localiza substâncias em células e matriz extracelular. A coloração histoquímica permite demonstrar e identificar uma variedade de diferentes substâncias.
